сколько можно подать заявлений?

Вообще, можно подать на три направления, а не на три факультета. А можно ли выбирать специализации в рамках одного направления, лучше Вам уточнить в приёмной комиссии (особенно если, как я понимаю, речь идёт о филологии). Забрать заявление на то или иное направление можно, но попытка по этому направлению будет считаться использованной.
Поэтому лучше всё-таки уточните этот момент в приёмной комиссии. В принципе, электронная система не должна пропускать "лишние" заявления.

Если электронная система пропустила, значит все нормально и вам нет необходимости по этому поводу волноваться. Дождитесь сообщения системы о допуске к участию в конкурсе и ждите положительного результата.