Сколько копий справки 086-о следует подать в один вуз на три факультета?

Залежить від ВНЗ.
Десь вимагають до кожної заяви. Десь діє єдине вікно.
Щодо мед.довідки. Засвідчать у Приймальній комісії за наявності оригіналу.

VI. Порядок прийому заяв та документів для участі у конкурсному відборі до вищих навчальних закладів

4. Під час подання заяви в паперовій формі вступник пред’являє особисто:
медичну довідку за формою 086-о (оригінал).

5. До заяви, поданої в паперовій формі, вступник додає:
медичну довідку за формою 086-о або її копію;

7. Усі копії документів засвідчуються за оригіналами приймальною (відбірковою) комісією вищого навчального закладу, до якого вони подаються, або в установленому законодавством порядку. Копії документів без пред’явлення оригіналів не розглядаються.