Як заповнити пункт 2 у медичній довідці 086/о?

Якщо вимагають, то у Вас вибору немає.
Приймальні комісії, як правило, на цей пункт не дуже звертають увагу.
В крайньому випадку напишете кілька ВНЗ в цей пункт
Головне, щоб в їх числі був той до якого будете подавати оригінали після надання рекомендацій

Дякую, не знав, що в цей пункт можна записувати декілька ВНЗ. А якщо так, то можна записувати абревіатурами (наприклад НТУУ "КПІ" або НАУ)?

Головне, щоб Вам поставили підпис і печатку.
Як хочете так і пишіть. Якщо сумніваєтесь, напишіть лише один абревіатурою, тоді пізніше допишете інші і місце залишиться