чи можна подати документи в третій хвилі, якщо був рекомендований в першій?

НІ, маєте шанс вступити тільки в рамках своєї, тобто першої хвилі.
Цитую:
"5 августа в 12:00 рейтинговые списки должны обновиться ("вторая волна"), из них будут исключены абитуриенты, которые не подали в период с 1 по 4 августа оригиналы документов в вуз. В итоге их места займут абитуриенты, которые находились ниже по списку и сформируется второй рейтинговый список по всем специальностям во всех вузах Украины."

Якщо ви не подаєте документи оригінали в своїй хвилі, то ви втрачаєте право на бюджет, на контракт ви на цю спеціальність маєте право.