Что делать, если написал ЗНО синей ручкой?

Вы знаете, в порядке проведения ВНО не указано, что будет и что надо сделать. Но компьютер может не распознать синий цвет, а во время апелляции как раз будут проверять, имел ли возможность компьютер проверить тест, и если имел и не проверил (технический глюк), то добавят баллы, а если не имел из-за невнимательности абитуриентов... теоретически могут и отказать. Ждите результатов, там видно будет. Или попробуйте обратиться по телефону поддержки в региональный центр оценивания.

Хотя нет, всё же указано. Однако указано вот что:
«Результати зовнішнього оцінювання абітурієнта з певного предмета можуть бути анульовані рішенням Українського центру оцінювання якості освіти, у тому числі за пропозиціями регламентних комісій регіональних центрів оцінювання якості освіти, у випадках:
...
пошкодження абітурієнтом бланків відповідей, що унеможливлює їх автоматизовану обробку».
И не тот цвет может относиться к таким "повреждениям": http://www.nagolos.com.ua/ru/news/24383-nepravilnyy-tsvet-ruchki-chut-ne-stoil-abiturientke-sostavlennogo-testirovaniya/

В общем, ждите результатов, возможно, сделают исключение...

и не забудьте купить себе черную ручку на остальные тесты